El aceite después de mucho uso o de un inapropiado filtrado puede llegar a estar contaminado. Cuando el aceite se contamina mucho llega a ser inutilizable. Los contaminantes sólidos pueden ser partículas de suciedad que fueron dejadas en el sistema hidráulico ya sea al momento de haber sido construido, o causadas por desgaste normal de partes móviles, o pudieron haber penetrado desde el exterior. Este tipo de contaminantes sólidos pueden ser removidos por filtros apropiados.
Existe otro tipo de contaminación en el aceite la cual es causada por reacciones químicas dentro del aceite al agregarle ciertos contaminantes solubles. Cuando esto sucede, el aceite debe ser reemplazado porque como estos contaminates ya fueron disueltos en el aceite, ya son parte de él. Existen métodos más refinados para filtrar el aceite aún cuando sucede esto, pero no es recomendable utilizar estos métodos porque no es práctico. Lo mejor que se puede hacer cuando se contamina el aceite de esta forma es reemplazarlo.
Es importante remover los contaminantes de los sistemas hidráuilcos porque puede haber válvulas, bombas, motores hidráulicos u otros componentes del sistema que no funcionen adecuadamente cuando el aceite esté contaminado.